La Fondazione nasce con lo scopo di realizzare un luogo di memoria e incontro negli spazi sottostanti alla Stazione Centrale di Milano. In quest'area, tra il 1943 e il 1945, centinaia di persone furono caricate su vagoni merci per essere deportate nei campi di concentramento e sterminio di Auschwitz–Birkenau e Bergen Belsen o nei campi italiani di raccolta di Fossoli e Bolzano. Attorno al Binario 21, luogo simbolo della Shoah in Italia, si sviluppa il progetto del Memoriale.